บัณฑิตวิทยาลัย เป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยาตามข้อบังคับข้อบังว่าด้วย การบริหารและการดำเนินงานบัณฑิตวิทยาลัย พ.ศ. 2564 โดยมีอำนาจหน้าที่ ดังนี้

 เป็นหน่วยส่วนงานภายในที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ

 จัดทำแผนงาน แผนปฏิบัติราชการประจำปี กรอบอัตรากำลัง งบประมาณรายได้รายจ่ายประจำปี และรายงานผลการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาประจำปี เสนอคณะกรรมการประจำคณะบัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยและสภามหาวิทยาลัย

 จัดทำแผนและวางแผนรับนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาประจำปี และดำเนินกาารรับสมัครนักศึกษาให้เป็นไปตามแผนที่กำหนด

 บริหารจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา ให้เป็นไปตามกฎหมาย กฎ ระเบียบ ประกาศ และข้อบังคับของมหาวิทยาลัย และเป็นไปตามวัตถุประสงค์ของบัณฑิตวิทยาลัย

 ส่งเสริมและสนับสนุนการจัดการเรียนการสอน การวิจัย การบริหารทางวิชาการ การดำเนินการขอขึ้นทะเบียนรับใบอนุญาตประกิบวิชาชีพทางการศึกษาของคุรุสภาในระบบ KSB Bundit ของหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาชีพครู และหลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา และกิจกรรมอื่นๆ ของบัณฑิตวิทยาลัยให้มีประสิทธิภาพตามเกณฑ์มมาตรฐานของหลักสูตร

 ควบคุมดูแลบุคลากร การเงิน การพัสดุ อาคารสถานที่และทรัพย์สินอื่นของบัณฑิตวิทยาลัยให้เป็นไปตามกฎหมาย กฎ ระเบียบ ประกาศ และข้อบังคับของทางราชการของมหาวิทยาลัยและของบัณฑิตวิทยาลัย

 บริหารจัดการบัณฑิตวิทยาลัยจากงบประมาณรายได้ให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล

 กลั่นกรองข้อบังคับและระเบียบที่เกี่ยวข้องกับการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาเพื่อเสนอต่อสภามหาวิทยาลัย

 ออกประกาศของบัณฑิตวิทยาลัย เพื่อดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ของบัณฑิตวิทยาลัย

 ปฏิบัติหน้าที่อื่นเกี่ยวกับการบริหารกิจการของบัณฑิตวิทยาลัย หรืองานอื่นใดที่มหาวิทยาลัยหรือสภามหาวิทยาลัยมอบหมาย

 ดำเนินการเกี่ยวกับการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาทั่วไปที่มิใช่หน้าที่ของหน่วยงานใด

 ประสานงานกับคณะต่างๆ เพื่อจัดให้มีการพัฒนาหลักสูตร และจัดทำหลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษา