คณะวิทยาการจัดการในปัจจุบันมีความเป็นมาเริ่มจากการเป็นคณะวิชาวิทยาการจัดการในวิทยาลัยครูพระนครศรีอยุธยาเมื่อปี 2527 โดยวิทยาลัยครูได้พิจารณาจัดหาอาจารย์ เริ่มแรกจากผู้ที่มีพื้นฐานทางด้านบริหารธุรกิจเศรษฐศาสตร์และนิเทศศาสตร์ เพื่อที่จะพัฒนาบุคลากรดังกล่าวเป็นอาจารย์ของคณะวิชาต่อไปในระยะแรกเปิดสอนเฉพาะวิชาในกลุ่มวิชาวิทยาการจัดการที่บริการให้คณะวิชาอื่นเท่านั้น

ต่อมาในปี พ.ศ.2538 ได้เริ่มเปิดสอนวิชาเอกในคณะของตนเอง เช่น วิชาเอกเศรษฐศาสตร์วิชาเอกวารสารและการประชาสัมพันธ์วิชาเอกบริหารธุรกิจระดับอนุปริญญา และวิชาเอกการจัดการทั่ว ไป 2 ปีหลังอนุปริญญาในขณะเดียวกันในช่วงนี้ได้มีการสอบบรรจุอาจารย์และโอนอาจารย์เข้ามาเพิ่มขึ้นในคุณวุฒิที่ตรงกับวิชาเอกที่เปิดสอน จึงทำให้มีอาจารย์จำนวนหนึ่ง แต่ยังขาดอาคารสถานที่จึงอาศัยปฏิบัติงานรวมอยู่กับอาคาร 2 อาคาร 7 และปัจจุบันย้ายมาประจำอยู่ที่อาคาร4 (ซึ่งเดิมเป็นอาคารของคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี) คณะวิทยาการจัดการปัจจุบันเป็นคณะวิทยาการจัดการ

มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ตามโครงสร้างมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา พ.ศ.2547 ปัจจุบันคณะวิทยาการจัดการมีอาคาร 2 อาคาร คือ อาคารวานิชภิรมย์ (อาคาร 4) และอาคารเจ้าพระยาโกษาธิบดี (อาคาร 41)

โดยมีผู้บริหารตั้งแต่เริ่มก่อตั้งตามลำดับดังนี้