พ.ศ. 2518 ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ. 2518 ระบุให้วิทยาลัยครูเป็นส่วนราชการในกรมการฝึกหัดครูสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ และแบ่งส่วนราชการตามพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ.2518 มาตรา 7 โดยกำหนดให้วิทยาลัยครูแต่ละแห่ง มีส่วนราชการ 2 ส่วน ประกอบด้วย สำนักงานอธิการบดี (แบ่งออกเป็น 4 แผนก ประกอบด้วย แผนกธุรการ แผนกแผนงานและประเมินผล แผนกการเงิน แผนกพัสดุ)

ต่อมาในปี พ.ศ. 2527 มีการแก้ไขเพิ่มเติมกฎหมายว่าด้วยวิทยาลัยครู ได้แก้ไขพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ. 2518 เป็นพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2527 ซึ่งแบ่งส่วนราชการตามมาตรา 7 วิทยาลัยครูแต่ละแห่งมีส่วนราชการ 3 ส่วน ประกอบด้วย สำนักงานอธิการบดี (อาจแบ่งออกเป็นฝ่ายหรือแผนก) คณะวิชา (อาจแบ่งเป็นภาควิชา) หน่วยงานที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ (อาจแบ่งเป็นฝ่ายหรือแผนก) ตามนัยแห่งพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2527 นี้ ทำให้แผนกต่าง ๆ ที่สังกัดสำนักงานอธิการบดีได้ยกฐานะเป็น “ฝ่าย” ดังนั้น สำนักงานอธิการบดี จึงแบ่งออกเป็น 5 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายอาคาสถานที่ และฝ่ายยานพาหนะ

ต่อมาเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2535 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนาม “สถาบันราชภัฏ” เป็นชื่อสถาบันการศึกษาในกรมการฝึกหัดครูสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ แทนชื่อ “วิทยาลัยครู” ในปี พ.ศ. 2538 ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ. 2538 มีผลบังคับใช้ ตั้งแต่วันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2538 ทำให้สถาบันราชภัฏมีฐานะเป็นส่วนราชการ ในสำนักงานสภาสถาบันราชภัฏ สังกัดกระทรวงศึกษาธิการ และในปีเดียวกันนี้วันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2538 สำนักงานสภาสถาบันราชภัฏประกาศเรื่องหลักเกณฑ์การแบ่งส่วนราชการในสถาบันราชภัฎ เพื่อความสอดคล้องกับวัตถุประสงค์ และเจตนารมณ์ของพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฏ พ.ศ. 2538 โดยสำนักงานอธิการบดี สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา แบ่งเป็น 11 ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายธุรการ ฝ่ายเลขานุการ ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายยานพาหนะ ฝ่ายอาคารสถานที่ ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ฝ่ายศิลปกรรม ฝ่ายสวัสดิการ และฝ่ายรักษาความปลอดภัย

ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 เพื่อความเหมาะสม สำนักงานอธิการบดี ได้แบ่งส่วนราชการเป็น 10 ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายเลขานุการ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายสวัสดิการ ฝ่ายอาคารสถานที่ ฝ่ายยานพาหนะ ฝ่ายรักษาความปลอดภัย

ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในสถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา พ.ศ. 2542 กำหนดให้มีส่วนอำนวยการและสำนักงานเลขานุการในสำนักงานอธิการบดี สำนักงานอธิการบดีจึงให้มีส่วนอำนวยการในสำนักงานอธิการบดี แบ่งออกเป็น 11 ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายเลขานุการ ฝ่ายธุรการ ฝ่ายการเงิน ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายอาคารสถานที่

ต่อมาในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2544 สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ได้ประชุมหน่วยงานในสำนักงานอธิการบดี เพื่อรองรับการเป็นนิติบุคลภายใต้ชื่อมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยาเพื่อให้เป็นไป

ตามพระราชบัญญัติการปฏิรูปการศึกษา พ.ศ. 2544 จึงได้มีการยุบหน่วยงานบางหน่วยงาน และจัดตั้งเป็นหน่วยงานใหม่ขึ้น ประกอบด้วย ฝ่ายธุรการ (งานสารบรรณ งานประชุม งานกิจกรรมสภา งานเลขานุการผู้บริหาร) ฝ่ายอาคารและสถานที่ (งานอาคารและศิลปกรรม งานวางผังและพัฒนาออกแบบ งานระบบสาธารณูปโภคงานซ่อมบำรุง งานรักษาความปลอดภัย งานยานพาหนะ งานพัฒนาพื้นที่) ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ งานนิติกรรมและวินัย งานพัฒนาและบุคลากร งานสวัสดิการสิทธิประโยชน์) ฝ่ายการเงิน (งานการเงินงานบัญชี) ฝ่ายทรัพย์สินและการจัดการรายได้ (งานฝ่ายทุนมูลนิธิ งานจัดการทรัพย์สินและองค์การจัดหารายได้) ฝ่ายประชาสัมพันธ์ ฝ่ายพัสดุ

ต่อมาปี พ.ศ. 2547 สถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ได้ปรับเปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 และ ปี พ.ศ. 2548 มีการกำหนดจัดตั้งส่วนราชการตามกฎกระทรวงจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2548 กำหนดให้มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา มีส่วนราชการ 8 ส่วนราชการ ได้แก่ สำนักงานอธิการบดี คณะครุศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ คณะวิทยาการจัดการ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สถาบันวิจัยและพัฒนา สถาบันอยุธยาศึกษา และสำนักวิทยบริการละเทคโนโลยีสารสนเทศ

ปี พ.ศ. 2549 มีการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา พ.ศ. 2549 ในส่วนของสำนักงานอธิการบดี แบ่งออกเป็น 4 กอง คือ กองกลาง กองนโยบายแลแผน กองบริการการศึกษา กองพัฒนานักศึกษา

สำนักงานอธิการบดี ตั้งอยู่ ณ อาคารสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา ถนนปรีดีพนมยงค์ ตำบลประตูชัย อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา รหัสไปรษณีย์ 13000 โทรศัพท์ 0-3532-2076-9 ต่อ 1227 โทรสาร 0-3524-2708